EF1%

Misal ada 1000 senyawa. 10 dari 1000 senyawa adalah senyawa aktif dan 990 lainnya adalah inaktif dan disebut decoy atau pengecoh. Hasil dari simulasi, top 10 senyawa aktif yang masuk berapa? Misal 6 senyawa aktif yang masuk top 10, berarti 6 dari 10 senyawa atau 60%. Berarti EF1% nya adalah 60. CMIIW

Interaksi Obat-Reseptor

Seperti interaksi di dalam kelas yang di sana ada dosen dan para mahasiswa. Mahasiswa akan menikmati kuliah bila: ruang kuliah nyaman, ber-AC, dosen menarik, kuliahnya memiliki informasi yang diminati para mahasiswa. Ada daya tarik sendiri di dalem kelas, yang lebih membuat mahasiswa tertarik tinggal di dalem kelas daripada apa yang menarik mereka di luar kelas.

Obat (ligand) akan dapat berinteraksi ketika menempel reseptor bila: energi rendah (ruang kelas nyaman dan ber-AC) dan ada asam amino tertentu yang membuat obat tertarik untuk tetap terikat di ligand binding domain. Bila tidak ada asam amino yang membuat obat dapat mau tinggal lama di ligand binding domain, meskipun energi ikatan rendah, tapi obat tidak akan dapat berinteraksi. Paling buruk, obat akan lepas dari ikatannya. Obat tidak dapat lagi disebut obat dalam wilayah kajian ini. Pertanyaannya mengapa dibutuhkan asam amino-asam amino tersebut dalam mengikat obat di ligand binding domain? Mengapa harus begitu? Tapi memang, tidak dipungkiri, di dalam beberapa jurnal, ketika obat terikat dengan reseptornya terdapat asam amino tertentu yang mempengaruhi ikatan obat-reseptor. Seperti yang kita tahu di GPCR, asam amino tertentu mempengaruhi relativitas energi ikatan obat-reseptor. Sedikit perbedaan  energi ikatan relatif tersebut, mengakibatkan perbedaan efikasi ligand dalam mengaktifkan protein G (Rosenbaum et al., 2009).

Pertanyaan berikutnya, bagaimana membuktikan suatu ligand adalah sebuah agonis, antagonis, atau inverse agonis? Kabarnya, seorang peneliti dari Belanda bernama Chis de Graaf sedang mengembangkan model (entah model seperti apa, mungkin termasuk validasi metode, karena sebenarnya tools-nya sudah ditemukan) untuk memecahkan pertanyaan ini. Kabarnya beliau yang telah menjadi Associate Professor  di VU Amsterdam sedang pusing tujuh keliling dalam meneliti hal ini. Ah, andai saya bisa pusing seperti beliau mungkin saya gembira sekali (Waks! Are you kidding me, Nih?! haha..). Tools yang dimaksud adalah, Molecular Docking, Interaction Finger Print, QSAR, Molecular Dynamics, dll. Minggu lalu ketika di klinikkopi bersama mas Depp (Radif –red), dosgil saya sedikit bercerita pula mengenai hal ini, namun sayang sekali saya lupa apa poin jawabannya dalam bahasan yang ini. Nanti setelah bertemu dengan dosgil saya akan bertanya lagi dan mencoba memahaminya lebih dalam karena saya tertarik sekali. Nantikan jawabannya, ya!